Kontrolę świadczeniodawców, którzy zawarli z Narodowym Funduszem Zdrowia umowę o udzielanie świadczeń opieki zdrowotnej, przeprowadza Prezes Funduszu na podstawie działu IIIA ustawy o świadczeniach opieki zdrowotnej finansowanych ze środków publicznych. Kontrola może dotyczyć m.in. organizacji, sposobu i jakości udzielania świadczeń oraz ich dostępności, zgodności świadczeń z przepisami i z wymaganiami umowy, zasadności wyboru leków, środków spożywczych specjalnego przeznaczenia żywieniowego i wyrobów medycznych, przestrzegania zasad wystawiania recept, a także posiadania przez osoby wykonujące zawody medyczne uprawnień do udzielania świadczeń (art. 61a ust. 1).
Kontrole, z wyjątkiem kontroli bez uprzedniego zawiadomienia (art. 61v), planuje się i przeprowadza po analizie prawdopodobieństwa wystąpienia nieprawidłowości (art. 61a ust. 4). NFZ publikuje roczny plan kontroli koordynowanych, czyli przewidzianych do przeprowadzenia w trybie planowym przez Departament Kontroli. Według Funduszu obszary włączane do planu wynikają m.in. z analizy danych sprawozdawczych, monitoringu skarg pacjentów oraz wniosków z czynności sprawdzających i kontroli doraźnych.
Co do zasady Prezes Funduszu zawiadamia podmiot o kontroli przed rozpoczęciem czynności kontrolnych; w niektórych rodzajach kontroli zawiadomienie następuje najpóźniej w chwili jej rozpoczęcia (art. 61g ust. 1). Ustawa dopuszcza także kontrolę bez uprzedniego zawiadomienia, m.in. gdy jest to uzasadnione bezpośrednim zagrożeniem życia lub zdrowia albo niezbędne dla przeciwdziałania ograniczeniom dostępności świadczeń (art. 61v ust. 1). Kontrolerzy, czyli pracownicy Funduszu, działają na podstawie upoważnienia Prezesa Funduszu; upoważnienie i zawiadomienie wskazują m.in. podstawę prawną, zakres przedmiotowy i okres objęty kontrolą oraz zawierają pouczenie o prawach i obowiązkach podmiotu kontrolowanego (art. 61e ust. 5, art. 61g ust. 3).
Kontroler ma prawo m.in. badać i oceniać informacje zawarte w dokumentach, w tym w dokumentacji medycznej i finansowo-księgowej, pobierać i zabezpieczać dokumenty, dokonywać oględzin, żądać wyjaśnień od kierownika podmiotu i jego pracowników oraz korzystać z pomocy biegłego (art. 61j ust. 1). Kierownik podmiotu kontrolowanego zapewnia warunki do sprawnego przeprowadzenia kontroli, w szczególności niezwłocznie przedstawia żądane dokumenty i terminowo udziela wyjaśnień (art. 61j ust. 6). Kierownik lub osoba przez niego upoważniona ma prawo wglądu do akt kontroli oraz sporządzania z nich odpisów i kopii, z zachowaniem przepisów o tajemnicy ustawowo chronionej (art. 61l ust. 2). Komunikacja w toku kontroli, w tym doręczanie wystąpienia pokontrolnego i wnoszenie zastrzeżeń, co do zasady odbywa się elektronicznie (art. 61za).
Ustalenia kontroli zamieszcza się w wystąpieniu pokontrolnym, które doręcza się kierownikowi podmiotu kontrolowanego. Wystąpienie zawiera w szczególności opis ustalonego stanu faktycznego, w tym nieprawidłowości i ich zakresu, wraz z oceną, a także ewentualne zalecenia pokontrolne i sankcje (np. wynikające z umowy) oraz pouczenie o prawie zgłoszenia zastrzeżeń (art. 61s ust. 1, 2 i 4).
Kierownik podmiotu kontrolowanego może zgłosić zastrzeżenia do wystąpienia pokontrolnego w terminie 14 dni od dnia jego doręczenia. Zastrzeżenia wnosi się do Prezesa Funduszu za pośrednictwem komórki organizacyjnej Funduszu, która przeprowadziła kontrolę. Prezes Funduszu odmawia przyjęcia zastrzeżeń zgłoszonych po terminie lub przez osobę nieuprawnioną, a pozostałe rozpatruje w terminie 14 dni od dnia ich otrzymania (art. 61t ust. 1–3). Podmiot kontrolowany jest obowiązany poinformować Prezesa Funduszu o sposobie wykonania zaleceń pokontrolnych w terminie 14 dni od otrzymania wystąpienia pokontrolnego, a jeżeli wniesiono zastrzeżenia — od otrzymania stanowiska o oddaleniu zastrzeżeń w całości albo zmienionego wystąpienia pokontrolnego (art. 61t ust. 4).
Ustawa przewiduje też czynności sprawdzające. Jeżeli Fundusz ma wątpliwości co do prawidłowości postępowania świadczeniodawcy, wynikające w szczególności z przetwarzania posiadanych danych lub informacji, może wezwać świadczeniodawcę do udzielenia wyjaśnień lub przekazania dokumentów w wyznaczonym przez siebie terminie, nie dłuższym niż 14 dni od doręczenia wezwania. Jeżeli istotne wątpliwości nie zostaną usunięte albo wyjaśnienia lub dokumenty nie zostaną przekazane, Prezes Funduszu może przeprowadzić kontrolę (art. 61w).
Rządowy projekt nowelizacji ustawy o świadczeniach opieki zdrowotnej finansowanych ze środków publicznych i niektórych innych ustaw (druk nr 3157) wpłynął do Sejmu 28 września 2026 r.; 30 września 2026 r. skierowano go do pierwszego czytania w Komisji Zdrowia. Według opisu w serwisie Sejmu projekt dotyczy m.in. zasad zatrudniania i wynagradzania personelu medycznego, a także kontroli prowadzonej przez NFZ. W tym zakresie przewiduje m.in. możliwość kontroli prawidłowości wykorzystania środków publicznych przekazywanych świadczeniodawcy z tytułu umowy, składanie wyjaśnień w toku kontroli pod rygorem odpowiedzialności karnej za fałszywe oświadczenia oraz dodatkową przesłankę kontroli bez uprzedniego zawiadomienia — gdy jest to niezbędne dla przeciwdziałania nierównemu traktowaniu świadczeniobiorców. Projekt nie jest obowiązującym prawem, a jego treść może się zmienić w toku prac legislacyjnych.
Stan prawny na 2 października 2026 r.